巴音郭楞蒙古自治州辖8县一市，即轮台、尉犁、若羌、且末、和静、和硕、博湖县，焉耆回族自治县和库尔勒市。自治州首府设在库尔勒。到2001年底，全州共有64个乡，其中1个民族乡，21个镇　，5个街道办事处，3个行政管理区。